เทคโนธานีได้แบ่งส่วนงานออกเป็น 7 ฝ่าย ซึ่งมี 6 ฝ่ายเดิม และได้เพิ่มสุรสัมนาคารเป็นฝ่ายที่ 7
ได้โอนย้ายโครงการสหกิจศึกษาและพัฒนาอาชีพจากฝ่ายวิชาการมาเป็นงานส่วนหนึ่งของเทคโนธานี และปรับโครงสร้างจาก 5 ฝ่าย เป็น 3 ฝ่าย คือ ฝ่ายบริหารงานทั่วไป ฝ่ายบริการวิชาการ และฝ่ายปรับแปลงและถ่ายทอดเทคโนโลยี ในปีเดียวกันเทคโนธานีได้รับรองระบบคุณภาพ ISO 9002 จากบริษัท SGS (Thailand) Ltd.
ได้ปรับโครงสร้างของเทคโนธานีเป็น 5 ฝ่าย คือ ฝ่ายบริหารงานทั่วไป ฝ่ายบริการวิชาการ ฝ่ายปรับแปลงและถ่ายทอดเทคโนโลยี ฝ่ายโครงการพัฒนาเทคโนโลยีและสารสนเทศและฝ่ายโครงการกิจกรรมและโครงการพิเศษ ย้ายโครงการสหกิจศึกษาและพัฒนาอาชีพไปสังกัดฝ่ายวิชาการ
เทคโนธานีได้รับการรับรองการปรับระบบบริหารคุณภาพ ISO 9002 เป็น ISO 9001 : 2000 จากบริษัท SGS (Thailand) Ltd.
ได้ปรับโครงสร้างการบริหารของเทคโนธานีเป็น 3 ฝ่าย 4 โครงการ คือ ฝ่ายบริหารงานทั่วไป ฝ่ายบริการวิชาการ ฝ่ายปรับแปลงและถ่ายทอดเทคโนโลยี โครงการอุทยานผีเสื้อ โครงการหน่วยบ่มเพาะวิสาหกิจ (SUT – UBI) โครงการพัฒนาเทคโนโลยีของอุตสาหกรรมไทย (iTAP) และโครงการศูนย์การเรียนรู้ของชุมชน์
มีการแบ่งส่วนงานเป็น 3 ฝ่าย 9 โครงการ โดยได้มีการปรับเพิ่มโครงการภายใต้โครงสร้างบริหารงานเทคโนธานีอีก 5 โครงการ ได้แก่ โครงการศูนย์วิจัยมันสำปะหลังและผลิตภัณฑ์ โครงการหน่วยบริการงานแปลและล่าม โครงการหน่วยบริการทางห้องปฏิบัติการ โครงการห้องเรียนวิทยาศาสตร์ และโครงการเมืองจราจรจำลอง และในปี พ.ศ. 2552 ได้เปลี่ยนชื่อของโครงการหน่วยบ่มเพาะวิสาหกิจ เป็น โครงการอุทยานวิทยาศาสตร์
ในรอบปีงบประมาณ 2556 เป็นช่วงที่อยู่ระหว่างการทดลองใช้โครงสร้างบริหารเทคโนธานีใหม่ ที่คำนึงถึงการบรรลุวิสัยทัศน์อย่างมีประสิทธิภาพ และคำนึงถึงบทบาทพันธกิจ ซึ่งจะเพิ่มสูงขึ้นและปรับเปลี่ยนไปในเชิงรุกมากขึ้น ส่งเสริมการบูรณาการภายในกลุ่มงาน และเชื่อมโยงภารกิจภายนอกกลุ่มงานให้สอดคล้องกัน มีการบริหารจัดการแบบเบ็ดเสร็จ (One Step Service) มีการปรับลดขั้นตอนการบริหารจัดการด้านการเงิน เป็นต้น ซึ่งจะเกิดความคล่องตัวในการสนับสนุนการปฏิบัติงานด้านบริการวิชาการของคณาจารย์ในแต่ละสำนักวิชาให้เกิดประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
ได้อนุมัติในหลักการการปรับโครงสร้างบริหารงานเทคโนธานี โดยให้ปรับชื่อหน่วยงานภายในเทคโนธานีที่เรียกว่า “สำนักงานบริหาร…” เป็น “สำนักงาน..” โดยให้ตัดคำว่า “บริหาร” ออก เพื่อให้สื่อความหมายกว้างขึ้น ดังนั้น จึงได้ปรับชื่อหน่วยงานตามข้อเสนอแนะของสภามหาวิทยาลัย ดังนี้ 1) สำนักงานผู้อำนวยการเทคโนธานี 2) สำนักงานอุทยานการเรียนรู้สิรินธร 3) สำนักงานอุทยานวิทยาศาสตร์และนวัตกรรม และ 4) สำนักงานบริการวิชาการและโครงการพิเศษ
